UU No. 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dipandang menjadi cikal bakal banyak perubahan dalam tata kelola perguruan tinggi di Indonesia. Secara bertahap juga sejak tahun 2003 tersebut, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi mulai menerapkan kebijakan terkait dengan keberadaan Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi. Mulai saat itulah, persoalan mutu menjadi isu yang banyak dibincangkan di lingkungan perguruan tinggi.
Sebagai bagian dari upaya menjaga kerangka otonomi dalam pengelolaan perguruan tinggi, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi di tahun 2003 itu menerbitkan buku Pedoman Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi yang bertujuan memberi inspirasi tentang pelaksanaan penjaminan mutu di masing- masing perguruan tinggi. Buku tersebut dilengkapi dengan 10 (sepuluh) Buku Praktek Baik Penjaminan Mutu di berbagai bidang pendidikan tinggi, seperti kurikulum, pembelajaran, suasana akademik, kemahasiswaan, sumber daya manusia, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, dan lain-lain.
Dalam upaya implementasi Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi ini, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi telah melakukan revisi terhadap buku Pedoman Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi edisi 2003 dengan buku baru Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi yang terbit pada tahun 2009. Buku ini dilengkapi dengan praktik baik dalam berbagai standar nasional pendidikan. Buku ini juga bertujuan memberi inspirasi kepada perguruan tinggi dalam menentukan dan melaksanakan model Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi.
Perkembangan berikutnya, yaitu terbitnya Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi (UU Dikti), yang semakin memperkuat Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi (SMPT) yang telah dikembangkan sejak tahun 2008. Pada fase ini, istilah yang digunakan yaitu Pendidikan Tinggi, bukan lagi Perguruan Tinggi. Meski demikian, Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi dalam implementasinya tetap berupaya memadukan tiga pilar penting, yakni: Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) berbasis pada perguruan tinggi; kemudian Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME), yang dikenal dengan istilah Akreditasi yang dilaksanakan oleh Badan Akreditasi Perguruan Tinggi (BAN PT) atau Lembaga Akreditasi Mandiri (LAM); dan terakhir Pangkalan Data Pendidikan Tinggi yang dikelola oleh pihak perguruan tinggi pada level mikro dan sekaligus oleh Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi pada level makronya.
Di lingkungan IAIN Antasari Banjarmasin, perhatian terhadap mutu kelembagaan ditandai dengan berdirinya Pusat Jaminan Mutu Akademik (Pusjamua) pada tahun 2008 yang digawangi oleh Prof. Dr. Ma’ruf Abdullah, M.Pd yang mana pada fase ini kegiatan mutu masih terbatas pada penguatan SDM mutu seperti pelatihan auditor dan pelaksanaan audit secara terbatas. Terbitnya Peraturan Menteri Agama RI Nomor 20 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Antasari, mengawali perubahan Pusjamua menjadi Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) IAIN Antasari dengan struktur terdiri dari Ketua, Sekretaris, Pusat Pengembangan Standar Mutu (PPSM) dan Pusat Audit dan Pengendalian Mutu (PAPM). Ketua LPM pada periode ini pernah dijabat oleh Prof. Dr. Ahmadi Hasan (2013-2014) dan Prof. Dr. H. Asmaran AS, M.A. (2014-2017) dengan dibantu oleh Sekretaris Dr. Ani Cahyadi, M.Pd, Kepala Pusat PSM Dr. Nuril Huda, M.Pd. dan Kepala Pusat APM Dr. Dina Hermina, M.Pd.
Seiring dengan alih status IAIN menjadi UIN, dan terbitnya Peraturan Menteri Agama Nomor 20 Tahun 2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja UIN Antasari ada perubahan dalam struktur LPM meski dengan nomenklatur yang sama. Struktur lengkapnya adalah Ketua, Sekretaris, Pusat Pengembangan Standar Mutu (PPSM), Pusat Audit dan Pengendalian Mutu (PAPM), dan Pusat Pendampingan dan Pengembangan Mutu Mahasiswa (PPMM). Pada periode 2017-2021 LPM dipimpin oleh Ketua Dr. H. Husnul Yaqin, M.Ed., Sekretaris Dr. Ridha Darmawaty, M.Pd. Kepala Pusat PSM, Drs. Yuseran, M.Pd., Kepala Pusat APM, Dr. Muhammad Zainal Abidin, M.Ag., dan Kepala Pusat PPMM, Dr. Muhamad Sabirin, M.Si. Guna memaksimalkan kinerja penjaminan mutu, program kerja LPM dibantu oleh 4 (empat) staf dibawah kewenangan Kasubbag Tata Usaha Abu Bakar, S.Ag., M.HI yaitu Suryandari, M.Pd, Lisa Liana, M.Pd, Lia Agustina, M.Pd dan Mustopa, S.Ag.
Pada periode 2021-2025, LPM UIN Antasari dipimpin oleh Prof. Dr. Syaugi, M.A dengan sekretaris Dr. Dr. Ridha Darmawaty. Adapun koordinator pusat di lingkungan LPM ialah Koordinator Pusat Pengembangan Standar Mutu Dr. Makherus Sholeh, M.Pd., Koordinator Pusat dan Pengendalian Mutu Akademik Haris Faulidi, Lc. M.Si., Koordinator Pusat Pendampingan dan Pengembangan Mutu Mahasiswa Imadduddin, M.Si., Koordinator Pusat Kerjasama dan Hubungan Internasional Hj. Nani Hizriani, M.A., Koordinator Pusat Manajemen Kurikulum dan Integrasi Ilmu Dr. H. Muhdi, M.Ag., Koordinator Pusat Manajemen Akreditasi dan Sertifikasi Irma Rahmawati, M.Pd., dan Koordinator Pusat Sosialisasi dan Penerimaan Mahasiswa Baru:Nahed Nuwairah, S.Ag, M.HI
Berikut adalah beberapa prestasi UIN Antasari Banjarmasin berkat komitmen berbagai pihak dalam implementasi penjaminan mutu antara lain:
1.Akreditasi Perguruan Tinggi UIN Antasari Banjarmasin sesuai pada SK No. 590/SK/BAN-PT/Akred/PT/VI/2021 menentapkan peringkat “Baik Sekali” sejak 29 Juni 2021 sampai dengan 29 Juni 2026
2.Sertifikat ISO 9001:2015 dalam peningkatan standar pelayanan administrasi keuangan yang diadakan Kembali pada tahun 2021
3.Sertifikat ISO 9001:2015 pada UPT Perpustakaan dan Pascasarja pada Desember 2019
4.Piagam Penghargaan dalam Menyusun dan menyajikan laporan keuangan tahun 2018 dengan predikat Opini Wajar Tanpa Pengecualian (WTP) dari BPK RI
5.Predikat Wilayah Bebas Dari Korupsi (WBK) oleh Kementrian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi